Inhoudsopgave
Advertenties
NanoString Technologies
®
Rapportintegratie met externe systemen
Het nCounter Dx-analysesysteem ondersteunt directe integratie met bestaande rapportgenererings- en managementsystemen, zoals
Laboratory Information Systems (LIS). Door SFTP te gebruiken voor bestandsoverdracht kunnen externe geautomatiseerde processen het
uitvoerrapport (helemaal of gedeeltelijk) ophalen, evenals het backuparchief van het systeem.
De opgehaalde rapporten hebben indelingen die geschikt zijn voor integratie met bestaande processen en systemen. Voor downstream integratie
maakt het systeem het bestand beschikbaar als een PDF-bestand dat identiek is aan het bestand dat gedownload kan worden via de web GUI
als een PDF van het NanoString-standaardrapport (indien anders dan het huidige rapport), en als een modulaire set grafische bestanden die
opgenomen kunnen worden in downstream systeemuitvoer.
Systeemtoegang
Voor LIS-integratie moet de SSH Server (SSH-server) ingeschakeld worden (zie System Settings (Systeeminstellingen)). De in SSH Settings
(SSH-instellingen) gespecificeerde gebruikersnaam en wachtwoord voor de analyse kunnen gebruikt worden met alle overdrachtstools die SFTP
(SSH File Transfer Protocol) ondersteunen. Dit protocol wordt breed ondersteund door dergelijke tools als WinSCP en PuTTY PSFTP op Windows
en Transmit op Mac OS X. Toegang tot de SSH-server is alleen-lezen: bestanden mogen niet aangepast, geüpload of verplaatst worden.
Analysespecifieke bestanden: Als er toegang tot de SSH-server is verkregen, worden de analysespecifieke bestanden als volgt gerangschikt:
Analysemap
/(login directory)
/pdf
/image
/image/<basename>
/deprecated
Modulaire afbeeldingen
De /image/<basename>-mappen bevatten een aantal afbeeldingen met een hoge resolutie (300 dpi+) die gebruikt kunnen worden door
gevorderde organisaties. Afbeeldingen voor koptekst, voettekst en handtekening kunnen aangepast worden met organisatiespecifieke
informatie, of kunnen volledig vervangen worden door door de organisatie geleverde equivalenten, of volledig worden weggelaten. Afbeeldingen
voor het hoofdgedeelte mogen niet worden aangepast en moeten volledig en zoals ze zijn (as is) worden gebruikt.
Het geleverde HTML-bestand dient als een 'voorraad' en kan gebruikt worden om ervoor te zorgen dat downstream systemen afbeeldingen
voor het hoofdgedeelte en/of kop- en voetteksten hebben voor iedere pagina van het rapport. Het kan als sjabloon dienen voor verdere
aanpassingen.
Beschrijving en inhoud
Top-level directory, bevat XML exportbestanden en alle hieronder beschreven submappen
PDF-bestanden. Voor ieder voltooid monster is er altijd een NanoString-standaardrapport; als er een
aangepast rapport is gedefinieerd, bevindt de PDF van dat rapport zich ook in de map.
Structuurmap voor modulaire afbeeldingen.
Eén map voor ieder monster, met een naam zoals hieronder beschreven. Iedere map bevat een aantal
afbeeldingen die het volledige analyserapport beslaan en een HTML-bestand om de afbeeldingen in de
oorspronkelijke volgorde te rangschikken. Zie hieronder voor meer informatie.
Alle bestanden die verouderd zijn door de functie Edit an Analyzed Sample (Een geanalyseerd monster
bewerken) te gebruiken om een nieuwe uitvoering van het rapportalgoritme of andere update te genereren.
Dit zijn de originele, ongewijzigde bestanden.
GEBRUIKERSHANDLEIDING
|
2017-07 MAN-10011-06
61
Advertenties
Inhoudsopgave
